일본은 나라시대에 이미 메밀이나 밀을 재배하기 시작하였다. 그러나 소바와 우동이 음식문화로서 꽃을 피운 것은 에도시대 중기 이후이다. 우동은 무로마치 시대서부터 현재와 같은 형태였지만 메밀이 소바형태의 식품이 되기까지는 시간이 조금 더 지나서다.

소바에 대한 전래는 나가노현 기소군 오쿠와촌 스하라에 있는 정승사의 고문서에서 덴쇼 2년(1754) 3월에 소바를 먹었다는 고문을 1992년 세키모치씨가 발견하면서부터 알려지기 시작하였고 이것이 소바의 시초가 되었다. 이후 에도시대 초기에는 지방 마을에서 국수매매가 이루어졌으며 길거리 찻집에서 국수가 제공되었다는 사실도 밝혀졌다.

또한 고문에서 알수 있는 흥미로운 사실은 에도초기에는 소바 집의 간판이 일본 동서지역 모두 '우동, 소바'로 되어 있어 우동이 면문화의 중심이었다는 것을 증명한다. 그러나 에도 중기가 되면서 간판이 '소바, 우동'으로 바뀐 것을 보면 소바가 인기를 끌게 됐음을 알게된다.

간사이(교토,오사카 지역)에서는 우동의 세력이 뿌리깊어 '관서우동', '관동소바'라는 2대 분식 문화권이 형성되었다. 에도 중기 초엽인 17세기 말에는 소바, 우동의 다른 말인 '겐돈 소바', '겐돈 우동'이라는 명칭이 생겨서 소바가게는 '겐돈야'라고 불렸다. 그 유래는 간분 2년(1662)가을, 요시하라에 처음으로 생긴 유곽의 이름인 '겐돈'에서 연유한다. 같은 시기에 에도쪼 이쪼메의 소바집 주인인 닌자에몽이라는 사람이 소바를 만들어 요시하라의 유곽에서 판매한 것을 계기로 싸구려 유곽의 이름인 겐돈이라는 이름이 붙여졌고 그 이름이 세상에 널리 알려졌다.